后来，朱元璋亲自主持，重新举办了一次考试。这次的考试结果与前一次截然相反，选的六十一名举全都是北方人，一个南方的都没有。看来朱元璋为了平息北方人的不平情绪，从一个极端走向了另一个极端。从此以后，为了避免这样的事件再次发生，朱元璋立下规矩，此后的科举考试，南北分卷考试，南方百分之六十、北方百分之四十的标准取士，以求通过这方法来命名南北方人士的官员数目大致相同。因此，此后的科举考试便不单以成绩取士了，而是加了地区的因素，并且形成了一约定俗成的制度。

这一下南京城里顿时成一团，南方人和北方人即使是素不相识，见了面好像也变成了不共天的仇人，城里时常现因此打架斗殴的情况。负责维护京城治安的军队迅速开城里，想方设法平息这场。可是他们可以用武力制止暴力行为，却不能改变南北方人之间的对立情绪，反而还加剧了这情绪。这件事很快传到了皇帝朱元璋的耳朵里。他上派人前去安抚那些闹事的北方举，向他们保证说皇帝正在调查此事，一定会给大家一个满意的答复，情绪激动的举们这才慢慢散去了。然后，朱元璋就找来这次考试的主考官刘三吾了解情况。

刘三吾并没有在试卷上什么手脚，举们的考试成绩都是真实的，南方的举确实考得都比北方举好。朱元璋也知刘三吾一向刚正，不是会因私枉法的人，他相信刘三吾对考生成绩的判断，但是为了平息北方举的愤怒情绪，朱元璋要求刘三吾从北方的举中挑选几个来一并上榜。

南北榜旧事，孤陋寡闻的小皇上自然不知，可是大臣们却都清楚得很，这些原先南京六的官员本来就和北京南下的官员们不对付，现在摊上这样的事情，自然不会坐视北方官员系增加新鲜力量，所以大家心照不宣的不提南北榜旧事，北方官员们上的折也都被内阁压了下去。

不料刘三吾这次真是倔过了，这个老夫认为自己的评判是公正无私的，毫无错，所以他拒绝更改考试成绩，使成绩本来较差的北方举上榜。朱元璋听了大发雷霆，认为刘三吾实在不通时务，气得把刘三吾赶了去。他还把其他的几位考官都撤了职。北方举听说了这个消息都大声呼，要求皇帝为他们主持公。

这次上榜的所有举都是南方人，居然连一个北方人都没有，这在历次的考试中是非常少见的。在当时明王朝的首都南京城里，落选的北方举们成群结队地涌向负责科举考试的吏衙门，要求吏的官员对考试的结果作解释。他们认为这次的主考官也是南方人，所以在考试成绩上虚作假，故意偏袒南方举。

“陛下圣明，但臣以为，还有更好的办法解决此事。”刘光有成竹的说。

但是这制度并没有太长的时间，随着满清侵的战争和朝廷南迁，谁还有力去搞什么南北榜，再说北方土地大多沦丧敌手，前来应考的举本就少，何苦再开两个卷呢，而且今年的会试不同于往年，乃是一次特殊召开的恩科，皇上大婚亲政，开恩科取士，再加上北伐山东的战役大获成功，满清暂时偃旗息鼓，上表请和，对偷偷从北方南下考试的举们也是睁一支闭一支，导致这次考试中来自北方的考生人数相当多，北方考生长期于异族的压统治之下，对于诗书自然有些荒废，成绩大面积低于南方考生也是情理之中，但是没有一个人榜就确实有匪夷所思了，那些北方考生都是心怀故国的血男儿，如果搞这样一个一边倒的榜单，恐怕会让大分的北方人寒心，令收复北方故土的计划受到一定影响。

不久之后，朱元璋再次派其他官员去重新审定这次考试的成绩。可是当他听取复审报告时，却发现真有几个不怕死的大臣，这些正直的学究们却仍然持北方举的考卷确实不如南方举的。他们最后的结论竟然和原来的主考官刘三吾的结论一模一样。这下朱元璋然大怒，他指责官员们互相包庇，有意蒙蔽自己，一气之下把这些官员都革职下狱，严加拷问。结果这件事情越越过火了。这些无辜的官员最后定罪时竟然与十几年前发生的胡惟庸结党营私、秘密谋反案联系在一起，全被以死刑。

可怜的朱由校知还有老祖宗发明的南北榜解决办法，居然还是从刘光这里听说，听镇武伯娓娓来其中的平衡关系之后，小皇帝沉思了片刻：“既如此，重开南北榜便是。